次氯酸鈉以其有效殺菌、溶解有機組織等突出性能，成為臨床常用的沖洗劑。其主要作用方式是通過水解形成次氯酸，再進一步分解成新生態氧，使細菌和病毒蛋白變性，從而發揮殺菌作用。此外，次氯酸鈉還通過以下3種反應溶解有機物：通過皂化反應將脂肪酸降解轉化為脂肪酸鹽和甘油；中和氨基酸生成水和鹽；通過氯和氨基的氯胺化作用干擾微生物細胞代謝。許多體內外實驗均證實，次氯酸鈉能夠有效減少根管內糞腸球菌等感染的數量，具有良好的抗菌效果。
　　水廠選擇次氯酸鈉的原因主要是安全可靠。次氯酸鈉是一種強氧化劑，有很強的殺菌效力。次氯酸鈉能迅速殺滅各種致病菌和病毒，如大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、真菌、枯草桿菌、黑色變種芽孢等致病菌，破壞肝炎病毒表面抗原。對餐具、茶具、衛生潔具、浴具有消毒、漂白和除臭作用。能有效的預防肝炎、傷寒、霍亂、痢疾、傳染性非典型肺炎等疾病的傳染。次氯酸鈉還具有降解殘留農藥、止癢、清潔、漂白、除臭、防腐、保鮮、預防蚊蠅孳生等方面的作用。

　　次氯酸鈉的消毒效果好，投加準確，操作安全，使用方便，易于儲存，對環境無毒害。這些特性決定它在今后的循環水處理中使用范圍會越來越廣。加上微生物對次氯酸鈉無抗藥性，可以連續使用，在使用次氯酸鈉作為殺菌劑時，定期的投加非氧化性殺菌劑可以更好的避免微生物抗藥性的生產，更加有利于循環水的水質處理。